在提供显著的健康益处方面，蛋白水解酶（或蛋白酶）的制剂毫无疑问是功能完全的膳食补充剂之一。临床研究已经有记载，它们具有众多有效益处，为面临多种健康挑战的人们提供支持，这些健康挑战包括：
尽管蛋白水解酶对于这些疾病和其它疾病的益处有科学文献记载，但是它仍未被充分利用。
蛋白水解酶分解蛋白质，主要是通过增加水或水解特定氨基酸——蛋白质的构建组分——之间的键。不同的蛋白水解酶具有不同的能力，以分解不同的氨基酸键。每种蛋白酶都具有一种它所分解的特定氨基酸键。蛋白水解酶包括真菌蛋白酶；细菌蛋白酶（如舍雷肽酶和纳豆激酶；植物蛋白酶（如菠萝蛋白酶和木瓜蛋白酶；和来自猪肚的蛋白酶（胃蛋白酶）以及来自胰腺的蛋白酶（胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶）。
空腹口服时，尤其是以抗胃酸胶囊的形式服用时，蛋白水解酶可被完好吸收。如果随餐服用，蛋白水解酶主要是在消化膳食蛋白质时被利用。当蛋白水解酶被吸收时，血液和体液中有特殊的阻酶因子，因而蛋白水解酶不会消化机体蛋白质。
蛋白水解酶的普遍用途可能是用作天然防炎剂。这种用法在医学文献中确有完备记载，大量双盲研究显示出其在缓解运动损伤、创伤、扭伤和劳损、外科手术以及骨关节不适引起的疼痛方面的效力。但是，蛋白酶产品在这些领域的效力所让我相信的，是对它们临床用途的一种无意识局限。由于它们发挥着更多更具临床意义的效力，因而这些产品不仅仅是布洛芬和阿司匹林这类药品的天然代用品。
例如，蛋白水解酶对一些某些不适症状的改善似乎与帮助人体分解复合物有关，这些复合物形成于白细胞生成的抗体和它们所联结的化合物（抗原）之间。与这些免疫复合物在血液中的高含量相关的疾病被称为“自身免疫性疾病”，例如关节不适症状及相关皮肤疾病。循环免疫复合物的较高含量也见于溃疡性结肠炎、克罗恩氏病和艾滋。
蛋白水解酶可以分解堵塞呼吸道的黏液。它是这样实现的：作用于黏液中的蛋白质，以帮助减少黏性（粘稠度和凝胶状特质）。这让蛋白水解酶在维护畅通的呼吸道方面极为有助益，特别是患有呼吸不适症状的情况下。舍雷肽酶在这方面似乎特别有助益。
受益于蛋白水解酶补充剂的疾病清单一直在增加。例如，一种可能的用途是改善与病毒相关的疾病，包括某些轻症感染。在一项治疗某些皮肤疾病的研究中，口服蛋白水解酶制剂有改善作用。在一项针对丙型肝炎患者的研究中，蛋白水解酶在改善化验值和症状方面，略优于 α-干扰素。蛋白水解酶对于急性和慢性呼吸不适症状似乎也很有助益。
虽然有的产品含有个别酶，如纳豆激酶和舍雷肽酶，但是很多时候蛋白水解酶产品含有多种类型的酶，以提供相关益处。关键是提供足够高的蛋白水解活性。酶的效力或活性不仅仅是基于重量，相反，它是基于酶活性的实验分析。针对每种蛋白水解酶所使用的不同计量单位以《食品与化学法典》(Food and Chemical Codex) 为基础。美国食品及药物管理局 (FDA) 将这种考证方法采用为表达酶效力的标准方法。例如，菠萝蛋白酶的效力基于实验室评估中将明胶暴露于菠萝蛋白酶后的明胶消化单位 (GDU)。
以下是针对每种个别蛋白水解酶的剂量建议，作为一种概测法来计量蛋白水解酶的效力。如果使用复合物混合物，则应预期每种个别蛋白水解酶的含量更低。蛋白水解酶应在两餐之间空腹服用，用来改善消化功能时除外。
蛋白水解酶通常具有很好的耐受性，且与任何显著的副作用没有关联。即使是推测胰腺功能正常的人，服用蛋白水解酶不会产生不良副作用，也不会减少这些受试者产生他们自己的胰酶的能力。
虽然服用任何蛋白水解酶都没有明显的副作用，但是可能发生轻微的过敏反应（与大多数食物一样）。
手术前或手术后至少两天不建议服用蛋白水解酶，因为可能会增加出血的风险。
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